سرنوشت نهایی کابینه سیزدهم در دوازدهمین جلسه علنی مجلس شورای اسلامی عصر روز چهارشنبه سوم شهریورماه ۱۴۰۰ تعیین شد. پس از بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی رئیس جمهور در کمیسیون‌های مختلف، در نهایت تایید صلاحیت وزرای پیشنهادی به مرحله نهایی رسید.
سید ابراهیم رییسی، رئیس دولت سیزدهم در نوبت عصر جلسه رای اعتماد برای دفاع از کابینه سیزدهم حاضر شد و از وزرای پیشنهادی خود دفاع کرد. پس از دفاع رئیس جمهوری از کابینه پیشنهادی، رای‌گیری نمایندگان به صورت مخفی انجام شد و در نهایت وزرای تایید صلاحیت شده دولت جدید معرفی شدند.
از تاریخ ۳۰ مردادماه نمایندگان مجلس شورای اسلامی بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی را به صورت فشرده در دو نوبت صبح و بعدازظهر در صحن علنی پیگیری کردند. در این مدت صلاحیت وزیران پیشنهادی سید ابراهیم رییسی مورد بررسی قرار گرفت و در نهایت در تاریخ ۳ شهریور ماه سرنوشت نهایی کابینه سیزدهم مشخص شد.
پس از رای‌گیری، رئیس مجلس نتایج را اعلام کرد. بر این اساس، تعداد نمایندگان حاضر در مجلس ۲۸۶ نفر اعلام شد. بیشترین رای موافق نمایندگان به امین حسین رحیمی وزیر دادگستری با ۲۷۷ رای و بیشترین رای مخالف به وزیر آموزش و پرورش با ۱۹۳ رای تعلق گرفت. همچنین کمترین رای مخالف را محمدرضا آشتیانی وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح با ۴ رای کسب کرد. بیشترین رای ممتنع نیز به تعداد ۲۸ رای به اسماعیلی وزیر فرهنگ و ارشاد تعلق گرفت.